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Elfen Lied se enfoca en una nueva rama evolutiva de la raza humana: Diclonius, seres similares a los humanos pero distintos a nivel genético. Lucy, la protagonista, es un Diclonius.
En un principio estaba encerrada en un laboratorio de experimentación, localizado mar adentro en la costa de Kamakura, en la Prefectura de Kanagawa. Logra escapar y, sembrando el caos a su paso sin poder evitar salir herida en el proceso, desarrolla una personalidad secundaria e infantil, conocida como Nyu.