Un día, mientras espera a su novia, Shinichi ve a unos hombres vestidos de negro. Su instinto le dice que traman algo y decide seguirles. Sus sospechas se confirman cuando es testigo de un crimen. Descubierto, es noqueado y forzado a beber una pócima.
Ahora, haciéndose llamar Conan Edogawa y ocultando su verdadera identidad con tal de proteger a los suyos y a él mismo de los Hombres de negro, el joven detective se traslada a casa su padre: el detective Kogoro Mouri. Ninguno de ellos sabe que Conan es, en realidad, Sinichi y éste utilizará su secreto para resolver los casos del propio Mouri sin que nadie lo sepa. Un manga shônen imprescindible.